В Кыргызстане насчитывается более чем 40 000 рек и речушек, общая длина которых составляет приблизительно 150 000 км, с вытеканием около 47 кубических километров воды в год. Главным источником воды в реках является талая вода с многочисленных горных ледников. Количество дождей составляет меньше чем 1/5 всего водного потока. Кыргызстан расположен вдали от океанов, поэтому все его реки вытекают в закрытые дренажные системы.

Многие горные реки не являются судоходными из-за большого снижения относительной высоты над уровнем моря, сложного рельефа русла и быстроты потока. Однако многие из них подходят для рафтинга и подобных видов деятельности.

Река Нарын является самой длинной рекой в Кыргызстане (807 км). Сформированная влиянием 2х рек- Большого и Малого Нарына, она скапливает воду нескольких больших притоков, таких как Ат-Баши и Кекемерен, до впадения в Токтогульское водохранилище и потоков, идущих через Ферганские горы в Ферганскую долину, и затем скапливает еще больше притоков пока река Сыр-Дарья (древнее название реки Нарын) не впадает в Аральское Море.

Талас, хотя и крупная река, но в большинстве случаев известна тем, что в 751 году на берегах реки китайцы потерпели поражение, что привело к концу Западной Экспансии благодаря чему выявлены секреты производства бумаги и шелка.

Река Чуй (или Чу) на севере, которая берет своё начало из Нарынского региона, огибает Кыргызский Хребет с востока, затем через Чуйскую долину, минуя Бишкек, исчезает в пустынях Казахстана. Когда-то считалось, что река вытекает из озера Иссык-Куль, но это не так, она огибает горы и протекает всего лишь в нескольких километрах от озера. Долина вокруг Бишкека интенсивно орошается рекой Чу, а также другими реками, протекающими в этом регионе.

Река Сары-Джаз берет своё начало с горного массива Хан-Тенгри, и огибая некоторые горные пики, уходит в Китай (где её называют Аксу).

Река Чаткал расположена в западной части Тянь-Шаньских гор, протекает через долину на Запад страны и уходит в Узбекистан. С одной стороны реки расположена горная цепь с таким же названием протяженностью 120 км, а с другой –горная цепь Чандалаш.

Река Нарын

Река Нарын протекает через Кыргызстан и Узбекистан, её длина составляет 807 км, а бассейн реки равен 59 000 кв. км. Река начинается с ледников в Центральном Тянь-Шане и становится рекой Нарын с слиянием рек Большой и Малый Нарын.

Река Нарын протекает через узкие ущелья и равнины, начинаясь с Нарынского государственного национального парка и пересекая города Нарын, Таш-Кумыр и Учкурган. Рядом с этой частью реки находятся горы Нарын Тоо, которые простираются на 130 км и достигают максимальной высоты 4530 м. Река широко используется для орошения, из её вод сформировано несколько каналов. Вдоль реки находится несколько крупных гидроэлектростанций, в том числе крупнейшее в Кыргызстане Токтогульское водохранилище.

Минуя Токтогуль, река Нарын течет через Джалал-Абад в Узбекистан, где она сливается с рекой Кара-Дарья, чтобы сформировать Сырдарью, и впадает в Аральское море. Большое количество воды поступает в Узбекистан для орошения полей из кыргызских рек, поэтому право на использование воды из реки Нарын может стать причиной конфликта между двумя странами.